Les personnes atteintes d’infections à coronavirus de la variante Omicron ont souvent des niveaux viraux très différents dans le nez, la gorge et la salive, et le test d’un seul type d’échantillon est susceptible de manquer une grande partie des infections, selon deux nouveaux articles, qui discutent d’Omicron infections analysées au fil du temps chez un petit nombre de personnes.
Les articles, qui n’ont pas encore été publiés dans des revues scientifiques, suggèrent que les tests de coronavirus qui analysent à la fois les prélèvements de nez et de gorge détecteraient plus d’infections à Omicron que ceux qui reposent uniquement sur un prélèvement nasal. Si ces tests combinés sont courants dans d’autres pays, dont la Grande-Bretagne, aucun n’a encore été autorisé aux États-Unis.
« Vous pourriez en avoir beaucoup plus pour votre argent en utilisant ces souches mixtes », a déclaré Rustem Ismagilov, chimiste au California Institute of Technology et auteur principal des deux articles. Mais aux États-Unis, a-t-il dit, « nous sommes coincés sans que personne ne le fasse ».
Les deux articles sont basés sur des données recueillies lors d’une enquête sur la transmission des coronavirus dans les ménages menée dans la région de Los Angeles entre le 23 novembre et le 1er mars, lorsque Omicron s’est propagé rapidement. Au total, 228 personnes de 56 ménages ont participé.
Chaque jour pendant environ deux semaines, chaque participant a prélevé des écouvillons nasaux et de la gorge, ainsi qu’un échantillon de salive. Les chercheurs ont effectué des tests PCR et calculé la charge virale, ou niveau, dans chaque échantillon.
Le premier article se concentre sur 14 personnes qui ont participé à l’étude avant ou en même temps que leurs infections ont commencé, permettant aux chercheurs de capturer le stade le plus précoce de l’infection.
Ce groupe de participants a fourni un total de 260 prélèvements nasaux, 260 prélèvements de gorge et 260 échantillons de salive au cours de leurs infections, permettant aux scientifiques de faire de multiples comparaisons entre la quantité de virus dans différents spécimens et personnes à différents moments.
Les chercheurs ont trouvé des différences significatives dans la charge virale de différents types d’échantillons provenant des mêmes individus.
Chez la plupart des participants, le virus était détectable dans la salive ou les prélèvements de gorge avant d’être détectable dans les prélèvements nasaux. « Vous pouvez avoir des charges virales très élevées, vraisemblablement infectieuses, dans la gorge ou la salive avant les prélèvements nasaux », a déclaré Alexander Viloria Winnett, étudiant diplômé à Caltech et auteur de l’article.
(D’autres études, dont une menée par l’équipe Caltech fin 2020 et début 2021, ont également montré que les niveaux de coronavirus ont tendance à augmenter dans la salive nasale. » dit M. Viloria Winnett.)
Mais plus tard, lorsque la charge virale dans le nez a atteint son maximum, elle a augmenté en moyenne à des niveaux plus élevés que dans n’importe lequel des échantillons oraux, ont découvert les chercheurs.
Même alors, cependant, il y avait une grande variabilité. Par exemple, une femme avait des niveaux de virus dans la gorge qui montaient en flèche pendant son infection, tandis que les niveaux viraux dans son nez allaient et venaient à plusieurs reprises entre détectable et indétectable au cours de plus d’une semaine. En revanche, un autre participant avait des charges virales systématiquement plus élevées dans son nez que dans sa gorge ou sa salive, même dès les premiers jours de son infection.
En raison de cette variation, « aucun type d’échantillon » ne capturera de manière fiable plus de 90% des infections au cours des quatre premiers jours d’infection, même avec un test PCR très sensible, suggèrent les données.
Se concentrer sur un seul type d’échantillon signifie « manquer vraiment une grande partie de l’image », a déclaré Reid Akana, étudiant diplômé à Caltech et auteur de l’étude.
En général, les modèles de charge virale dans les prélèvements nasaux et pharyngés étaient plus différents que dans toute autre comparaison d’échantillons. Que les gens utilisent la PCR ou le test d’antigène, au cours des quatre premiers jours de l’infection, le test des deux sites en même temps détecterait beaucoup plus d’infections que l’un ou l’autre seul, suggèrent les données.
Dans le deuxième article, les chercheurs ont évalué les performances du test antigénique Quidel QuickVue At-Home, qui utilise un écouvillon nasal, dans un sous-ensemble de 17 participants qui sont entrés dans l’étude au début de leurs infections. Tous les participants ont passé des tests antigéniques quotidiens, en plus de fournir des échantillons quotidiens de nez, de gorge et de salive.
Les chercheurs ont découvert que même lorsque les personnes avaient une charge virale suffisamment élevée pour être considérées comme infectieuses dans au moins un type d’échantillon, les tests antigéniques n’étaient positifs que 63% du temps – un écart de performance qu’ils attribuent au fait que les tests ne mesurent que le virus dans le nez, alors que d’autres personnes peuvent avoir une charge virale élevée.
Les fabricants de tests devront s’assurer que les tests conçus pour le nez fonctionnent toujours dans la gorge, ont déclaré les scientifiques ; il est possible que certains ne le fassent pas, ont-ils averti. Mais ils ont exhorté les entreprises et les régulateurs à donner la priorité à cette enquête.
« S’ils peuvent valider leurs tests existants avec un frottis combiné, nous pourrions avoir tellement plus d’infections que nous ne le faisons actuellement », a déclaré Natasha Shelby, l’administratrice de l’étude, qui est également auteur des deux articles.
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