Des scientifiques enquêtent sur l’origine de l’épidémie de Monkeypox

Lorsque les premiers cas de variole du singe ont été identifiés début mai, les autorités sanitaires européennes ont été stupéfaites. Le virus n’était pas connu pour se propager facilement parmi les humains, et encore moins infecter des dizaines – et bientôt des centaines – de jeunes hommes.

L’origine de l’épidémie devient maintenant plus claire. L’analyse génétique suggère que bien que le virus de la variole du singe se propage rapidement à l’air libre, il circule tranquillement parmi les humains depuis des années.

Les responsables de la santé ont déjà identifié deux versions du monkeypox chez des patients américains, suggérant au moins deux chaînes de transmission distinctes. Des chercheurs de plusieurs pays ont trouvé des cas sans source d’infection connue, indiquant une propagation non détectée dans la communauté. Et une équipe de recherche a fait valoir le mois dernier que le monkeypox avait déjà franchi un seuil de transmission interhumaine soutenue.

L’information génétique disponible à ce jour indiqué qu’à un moment donné ces dernières années, le virus était mieux en mesure de se propager entre les humains, a déclaré Trevor Bedford, biologiste de l’évolution au Fred Hutchinson Cancer Research Center à Seattle.

« Les modèles génomiques suggèrent que cela s’est produit vers 2018 », a déclaré le Dr. Bedford.

Une fois que le virus s’est adapté à l’homme hôte, les épidémies de monkeypox pourraient devenir plus fréquentes et plus difficiles à contenir. Cela pose le risque que la variole du singe puisse passer des humains infectés aux animaux – très probablement des rongeurs – dans des pays en dehors de l’Afrique, qui luttent contre ce problème depuis des décennies. Le virus peut persister chez les animaux infectés et provoquer occasionnellement de nouvelles infections chez l’homme.

« Nous pouvons également redonner cela aux animaux qui peuvent propager la maladie à la faune et à l’homme », a déclaré Sagan Friant, anthropologue à l’Université d’État de Pennsylvanie qui a étudié les interactions homme-animal au Nigeria pendant environ 15 ans.

Plus il faut de temps pour contenir le virus, plus il est susceptible de trouver un nouveau foyer permanent chez les humains ou les animaux, a déclaré le Dr. friant.

Mercredi, les États-Unis avaient identifié 156 cas dans 23 États et le district de Columbia. Le nombre mondial a dépassé 3 400 cas confirmés et 3 500 cas supplémentaires sont en cours d’évaluation, triplant le nombre il y a deux semaines.

En Afrique, au 10 juin, huit pays avaient signalé plus de 1 500 cas suspects et 72 décès, la plupart en République démocratique du Congo.

Monkeypox est un gros virus à ADN double brin, environ sept fois plus gros que le coronavirus. Les virus à base d’ADN peuvent corriger leurs propres erreurs lorsqu’ils répliquent leur matériel génétique. Ils ne peuvent collecter qu’une ou deux mutations par an, contre 20 à 30 mutations pour un virus à ARN comme le coronavirus.

Mais le virus monkeypox semble avoir accumulé un nombre étonnamment élevé de mutations – près de 50 par rapport à une version circulant en 2018, selon des analyses préliminaires.

Sur les 47 mutations identifiées dans une analyse, 42 portent la signature claire d’une enzyme appelée Apobec3. Découverte pour la première fois par des chercheurs étudiant le VIH, cette enzyme est un soi-disant facteur de défense de l’hôte – une arme du système immunitaire que les animaux et les humains utilisent pour désarmer des virus tels que le monkeypox.

L’enzyme force essentiellement les virus à faire des erreurs lorsqu’ils tentent de se répliquer, ce qui les amène à s’autodétruire. Les souris ne portent qu’une seule version de cette enzyme, tandis que les humains en ont sept. L’accumulation rapide de mutations, caractéristique de l’enzyme depuis 2018, suggère que la variole du singe a pu passer aux humains en tant qu’hôtes à cette époque, a déclaré le Dr. Bedford.

On ne sait pas comment les mutations pourraient altérer le virus. Sur les 48 mutations identifiées en Grande-Bretagne, 21 peuvent affecter la propagation de la maladie, sa gravité et sa réponse à un traitement appelé tecovirimat, selon la UK Health Security Agency.

Mais parce que les mutations introduites par l’enzyme Apobec3 sont censées nuire au virus, leur quantité à elle seule n’est pas préoccupante, a déclaré Michael Malim, virologue au King’s College de Londres qui a découvert Apobec3 en 2002. L’effet des mutations est « probablement débilitant », a-t-il déclaré. La comparaison de la version actuelle du virus avec des échantillons de ces dernières années peut aider à comprendre comment il a évolué, mais ces informations sont rares. Le Nigeria n’avait la capacité de séquencer du matériel génétique qu’en 2017.

Depuis lors, les scientifiques y ont analysé les séquences d’environ 50 cas de monkeypox, selon le Dr. Ifedayo Adetifa, directeur du Centre nigérian de contrôle des maladies. Mais sans l’équipement spécialisé ou l’expertise nécessaire pour une analyse rapide, les scientifiques n’ont pas encore terminé leur travail, a-t-il déclaré.

Bien que les chercheurs aient fait plusieurs demandes de données à l’extérieur du Nigeria, le Dr. Adetifa qu’ils attendraient de publier leur travail pour empêcher les équipes disposant de plus de ressources de les battre et d’obtenir un crédit.

« Je suis tout à fait pour le partage de données ouvertes et tout ça », a-t-il déclaré. « La question est, qui en profite? »

Pendant des années, certains experts ont averti que l’éradication de la variole en 1980 a laissé le monde vulnérable à la famille élargie des virus de la variole et a augmenté les chances que le monkeypox se développe en un agent pathogène humain efficace.

En Afrique de l’Ouest, l’incidence de la variole du singe a été multipliée par au moins vingt depuis 1986. Dans les pays africains en général, a déclaré le Dr. Adetifa, « nous suspectons une certaine sous-déclaration car il y a eu une sensibilisation relativement faible et peut-être un faible risque perçu de variole du singe ». Le Nigeria intensifie sa surveillance de la variole du singe et le nombre de cas pourrait augmenter à mesure que de plus en plus de personnes prennent conscience du virus, a-t-il ajouté.

Bien que la varicelle du singe ait une éruption cutanée distinctive qui apparaît sur les paumes et la plante des pieds, elle est souvent confondue avec la varicelle. De nombreux hommes dans l’épidémie actuelle ont des lésions sur leurs organes génitaux, mais celles-ci peuvent être confondues avec des maladies sexuellement transmissibles telles que la syphilis, la gonorrhée et la chlamydia.

Des chercheurs en Italie et en Allemagne ont rapporté avoir trouvé de l’ADN de la variole du singe dans le sperme, mais on ne sait pas si le virus se propage de cette façon ou s’il n’est présent que dans le sperme et les sécrétions vaginales.

La propagation chez les jeunes hommes atteints d’ulcères génitaux a déjà été observée au moins une fois. En 2017, le Nigéria a enregistré 228 cas suspects de variole du singe et en a confirmé 60. Le virus s’est propagé principalement chez les jeunes hommes souffrant d’ulcères génitaux.

L’expérience britannique montre à quel point il peut être compliqué de retrouver les contacts d’un virus potentiellement transmissible sexuellement, en particulier dans les cas où les personnes infectées ont eu plusieurs partenaires anonymes. Dans une première analyse d’un sous-ensemble de cas, les responsables ont déclaré qu’ils pouvaient obtenir des noms pour moins d’un tiers des 78 contacts sexuels signalés.

De nombreux cas en Afrique peuvent être attribués à un contact avec la faune sauvage ou à l’utilisation de produits d’origine animale à des fins médicinales ou culturales.

Alors que la déforestation et l’urbanisation rapprochent les hommes et les animaux, davantage de virus pourraient faire le saut vers les hôtes humains. Monkeypox saute très probablement sur les gens des rongeurs. Il existe environ 2 000 espèces de rongeurs dans le monde, qui représentent 40 % de toutes les espèces de mammifères. La corne de semaine à corde africaine est l’un des principaux candidats en tant que principal réservoir de la variole du singe, mais il existe d’autres prétendants, notamment des souris et des loirs rayés, des opossums géants, des rats à nez rouillé et des porcs-épics à queue en brosse.

Lors d’une épidémie de 2003 aux États-Unis, une cargaison de rats gambiens en sachet importés d’Afrique a transmis la variole du singe à des chiens de prairie, qui ont ensuite infecté 71 Américains. Mais les autorités n’ont trouvé aucun signe du virus chez les animaux aux États-Unis après la fin de la vague de cas.

Il n’y a aucune garantie que la chance durera cette fois. « Ces retombées d’autres espèces, et ce que cela signifie et quelle est la trajectoire – c’est très imprévisible », a déclaré le Dr. Malim. « Et cela devient de plus en plus courant. »