Dans la courte histoire de la pandémie de COVID-19, 2021 a été l’année des nouvelles variantes. Alpha, Beta, Gamma et Delta ont eu chacun quelques mois au soleil.
Mais c’était l’année d’Omicron, qui a balayé le monde fin 2021 et a continué à dominer, avec des sous-variantes – avec des noms plus prosaïques comme BA.1, BA.2 et BA.2.12.1 – apparaissant en succession rapide . Deux sous-variantes étroitement liées appelées BA.4 et BA.5 provoquent désormais des infections dans le monde entier, mais de nouveaux candidats, dont un appelé BA.2.75, frappent à la porte.
La domination durable d’Omicron fait que les biologistes de l’évolution se demandent ce qui va suivre. Certains pensent que c’est un signe que la frénésie initiale de l’évolution du SRAS-CoV-2 est terminée et que, comme d’autres coronavirus qui sont avec l’humanité depuis bien plus longtemps, il entre dans un schéma d’évolution progressive. « Je pense que c’est une bonne supposition que BA.2 ou BA.5 produira une progéniture supplémentaire avec plus de mutations et qu’une ou plusieurs de ces sous-variantes se propageront et seront les prochaines », a déclaré Jesse Bloom, biologiste évolutionnaire au Fred Hutchinson Cancer Research. Centre.
Mais d’autres pensent qu’une nouvelle variante qui diffère suffisamment d’Omicron et de toutes les autres variantes pour mériter la prochaine désignation de lettre grecque, Pi, pourrait déjà se développer, peut-être chez un patient infecté de manière chronique. Et même si Omicron n’est pas remplacé, sa domination n’est pas une cause de complaisance, a déclaré Maria Van Kerkhove, responsable technique pour COVID-19 à l’Organisation mondiale de la santé. « C’est déjà assez grave comme ça », dit-elle. « Si on ne peut pas faire travailler les gens » [without] un nouveau nom grec, c’est un problème.
Même avec Omicron, souligne Van Kerkhove, le monde peut faire face à des vagues continues de maladies à mesure que l’immunité diminue et que de nouvelles sous-variantes émergent. Elle craint également que les efforts de surveillance qui ont permis aux chercheurs de découvrir Omicron et d’autres nouvelles variantes à un stade précoce soient réduits ou supprimés. « Ces systèmes sont démantelés, ils s’arrêtent, des gens sont licenciés », dit-elle.
Les variantes qui ont régné en 2021 ne sont pas sorties les unes des autres. Au lieu de cela, ils ont évolué en parallèle à partir des virus SARS-CoV-2 qui ont circulé au début de la pandémie. Dans les arbres généalogiques viraux que les chercheurs dessinent pour visualiser les relations évolutives des virus SARS-CoV-2, ces variants sont apparus aux extrémités de longues branches nues. Le schéma semble refléter le virus caché chez une seule personne pendant longtemps et se développant avant d’émerger et de se propager à nouveau, bien changé.
De plus en plus d’études semblent confirmer que cela se produit chez les personnes immunodéprimées qui ne peuvent pas éliminer le virus et qui ont des infections à long terme. Par exemple, le 2 juillet, l’épidémiologiste génomique Nathan Grubaugh et son équipe de l’Université de Yale ont publié une préimpression sur medRxiv à propos d’un de ces patients qu’ils ont accidentellement trouvés. À l’été 2021, leur programme de surveillance à l’hôpital de Yale New Haven a continué à trouver une variante du SRAS-CoV-2 appelée B.1.517, bien que cette lignée ait depuis longtemps disparu de la communauté. Il s’est avéré que tous les échantillons provenaient de la même personne, un patient immunodéprimé dans la soixantaine qui suivait un traitement pour un lymphome à cellules B. Il a été infecté par le B.1.517 en novembre 2020 et est toujours positif aujourd’hui.
Faire des vagues
Une série de sous-variantes d’Omicron sont apparues en succession rapide dans le monde depuis le début de cette année. Certains scientifiques disent que ce modèle est susceptible de se poursuivre, mais une variante entièrement nouvelle peut encore émerger.
En surveillant son infection et en observant comment le virus a changé au fil du temps, l’équipe a constaté qu’il évoluait à deux fois le taux normal de SARS-CoV-2. (Certains des virus circulant chez les patients aujourd’hui pourraient être considérés comme de nouvelles variantes s’ils sont trouvés dans la communauté, dit Grubaugh.) Cela soutient l’hypothèse selon laquelle les infections chroniques pourraient déclencher « l’émergence imprévisible » de nouvelles variantes, écrivent les chercheurs de leur prépublication.
D’autres virus qui infectent les patients de manière chronique changent également plus rapidement au sein d’un hôte que lorsqu’ils se propagent d’une personne à une autre, explique Aris Katzourakis, biologiste de l’évolution à l’Université d’Oxford. C’est en partie un jeu de chiffres : il y a des millions de virus qui se multiplient chez une personne, mais seule une poignée est transmise lors de la transmission. Ainsi, une grande partie du potentiel d’évolution est perdue dans une série d’infections, alors qu’une infection chronique offre des possibilités d’évolution infinies.
Mais depuis la sortie d’Omicron en novembre 2021, aucune nouvelle variante n’est apparue de nulle part. Au lieu de cela, Omicron a accumulé de petits changements, le rendant meilleur pour échapper aux réponses immunitaires et – avec une immunité en déclin – conduisant à des vagues successives. « Je pense qu’il est probablement de plus en plus difficile pour ces nouvelles choses d’apparaître et de prendre le relais parce que toutes les différentes souches d’Omicron sont une concurrence féroce », déclare Grubaugh, compte tenu de leur transmissibilité et de leur évasion immunitaire.
Si tel est le cas, la décision des États-Unis de mettre à jour les vaccins COVID-19 en ajoutant un composant Omicron est la bonne décision, déclare Bloom ; même si Omicron continue de changer, un vaccin basé sur celui-ci est susceptible d’offrir plus de protection qu’un vaccin basé sur des variantes précédentes.
Mais il est toujours possible qu’une toute nouvelle variante émerge qui n’ait rien à voir avec Omicron. Ou l’une des variantes précédentes, comme Alpha ou Delta, pourrait faire son retour après avoir provoqué une infection chronique et avoir connu une évolution accélérée, explique Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres : « C’est ce que nous appellerions en second lieu des variantes générationnelles .” Compte tenu de ces possibilités, « l’étude des infections chroniques est maintenant plus importante que jamais », a déclaré Ravindra Gupta, microbiologiste à l’Université de Cambridge. « Ils pourraient nous dire quel type de direction mutationnelle le virus prendra dans la population ».
BA.2.75, qui vient d’être repris, inquiète déjà certains scientifiques. Surnommé Centaurus, il a évolué à partir d’Omicron, mais semble avoir rapidement accumulé une multitude de changements significatifs dans son génome, plus comme une variante entièrement nouvelle qu’une nouvelle sous-variante d’Omicron. « Cela ressemble exactement à Alpha, ou Gamma, ou Beta », dit Peacock.
BA.2.75 semble se répandre en Inde, où il a été identifié pour la première fois, et a été trouvé dans de nombreux autres pays. On ne sait pas s’il surpasse vraiment les autres sous-variantes, déclare Van Kerkhove : « Les données sont extrêmement limitées pour le moment. » « Je pense vraiment que c’est quelque chose qui mérite d’être surveillé de près », a déclaré Emma Hodcroft, virologue à l’Université de Berne.
Cependant, garder un œil sur tout devient de plus en plus difficile, car la surveillance diminue. La Suisse, par exemple, séquence maintenant environ 500 échantillons par semaine, moins de 2 000 à son apogée, dit Hodcroft ; les États-Unis sont passés de plus de 60 000 par semaine en janvier à environ 10 000. « Certains gouvernements aiment réduire l’argent qu’ils ont dépensé pour le séquençage », déclare Hodcroft. La défense des coûts est une « vente difficile », dit-elle, « surtout si vous avez l’impression que les pays qui vous entourent continueront à se classer même si vous arrêtez ».
Même si une variante apparaît dans un endroit bien surveillé, il peut être plus difficile que par le passé de prédire l’ampleur de la menace qu’elle représente, car les différences dans les vagues précédentes de COVID-19, les vaccins et les calendriers de vaccination ont créé un damier mondial de immunité. Cela signifie qu’une nouvelle variante pourrait bien fonctionner à un endroit, mais se heurter à un mur d’immunité ailleurs. « La situation est devenue encore moins prévisible », déclare Katzourakis.
Étant donné qu’Omicron semble être plus doux que les variantes précédentes, les efforts de surveillance devraient se concentrer sur l’identification des variantes qui causent une maladie grave chez les patients hospitalisés, dit Gupta. « Je pense que c’est là que nous devons concentrer nos efforts car si nous continuons à nous concentrer sur de nouvelles variantes génétiques, nous pouvons nous fatiguer un peu et laisser tomber la balle quand les choses arrivent. »
De nombreux virologues reconnaissent que l’évolution du SRAS-CoV-2 les a surpris à maintes reprises. « C’était vraiment en partie un manque d’imagination », dit Grubaugh. Mais quel que soit le scénario que les chercheurs peuvent envisager, Bloom reconnaît que le virus tracera son propre chemin : « Je pense qu’en fin de compte, nous devons simplement attendre et voir ce qui se passe. »
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